柏林自由大學學院設置：
生物、化學和醫(yī)藥學院（Department of Biology, Chemistry, and Pharmacy）
教育學與心理學學院（Department of Education and Psychology）
地球科學學院（Department of Earth Sciences）
歷史文化學院（Department of History and Cultural Studies）
數(shù)學與計算機科學學院（Department of Mathematics and Computer Science）
哲學與人文學院（Department of Philosophy and Humanities）
物理學院（Department of Physics）
政治學與社會科學學院（Department of Political and Social Sciences）
法學院（Department of Law）
獸醫(yī)學院（Department of Veterinary Medicine）
經(jīng)濟學學院（Department of Business and Economics）
柏林夏里特醫(yī)學院（Charité - Berlin School of Medicine）：柏林自由大學與柏林洪堡大學合作學院
